Las normas de la expedición eran claras con el buen trato y mantenimiento que debían tener, indicando que habrían de volver a sus lugares de origen, aunque ninguno de ellos regresó a Galicia, pues se entendió que era mejor educarlos en el seno de las familias mexicanas que los acogieron (sí volvieron los niños venezolanos que transportaron la vacuna a Cuba, así como los que lo hicieron hacia Filipinas). Todos ellos fueron dotados de un hatillo con enseres de aseo, ropas nuevas y utensilios para comer. Pero no solo esto, sino que el gobierno se ofreció a mantenerlos y formarlos hasta que pudiesen ejercer un oficio digno, un sueldo durante toda su vida por haber sido niños vacuníferos (aunque este monto no siempre se pagó). Sirvieron como cadena humana para conservar el virus y también para poder trasmitirlo activo a miles de personas en todas estas zonas de ultramar, infectando progresivamente, cada diez días, parejas de niños para mantener el virus (se infectaban de dos en dos para evitar cualquier falso anidamiento que tirase por tierra toda la expedición).

Como los territorios españoles eran tan extensos, siempre se habla de los primeros veintidós niños que partieron del puerto de La Coruña, pero hubo otros veintiséis más (algunos de ellos los mismos que en el viaje anterior, como el hijo de Isabel, Benito) que salieron de Acapulco, México, y que llevaron la vacuna viva hasta las Islas Filipinas, territorio de la Corona hasta 1898. En este viaje los niños pasaron por un sufrimiento increíble, puesto que el capitán del barco, el Magallanes, se había ofrecido a dejarles su camarote y en lugar de esto y pese a las quejas del propio Balmis, los recluyó en un espacio insalubre. En total, se contabiliza que alrededor de un centenar de niños fueron empleados para transportar la vacuna.